Selang beberapa tahun kemudian, Pater Pain Ratu didapuk sebagai Provinsial SVD Timor.
Pada 2 April 1982, Takhta Suci menunjuk Pater Pain Ratu sebagai Uskup Auxilier Atambua.
Dua tahun kemudian, Mgr Pain Ratu menjadi gembala utama di keuskupan tersebut. Ia menggantikan Mgr Theodorus van den Tillaart SVD (1909-1991).
Mgr Pain Ratu amat giat mengembangkan kemandirian umat serta semakin mendekatkan pelayanan untuk mereka.
Baca Juga: Lantik 265 Pejabat Fungsional, Ini Pesan Bupati Belu
Karena itu, dalam setiap kunjungan pastoral, Mgr Pain Ratu selalu menggandeng katekis, pemandu, dan animator awam dalam tim pastoralnya.
Selain itu, upayanya untuk selalu dekat, mendengarkan, dan membantu umat agar menyadari persoalan serta menemukan solusi yang mereka hadapi, Mgr Pain Ratu menginisiasi khalwat “tiga ber-“ bagi umat yang berpendidikan, berkedudukan, dan berpengaruh.
Mereka yang termasuk dalam golongan “tiga ber-” antara lain: guru, pegawai negeri dan swasta, pengusaha, pemimpin atau pejabat pemerintah, tua-tua adat (ketua suku), kaum muda, dan kaum perempuan.
Baca Juga: Dini Hari Tadi, Sebanyak 3 Kali Gempa Menguncang Maluku Barat Daya
Mgr Pain Ratu senantiasa mengumpulkan mereka secara berkala. Bersama tim pastoral, uskup yang gemar mengenakan peci berkelir merah marun serta bersandal jepit itu membimbing tokoh “tiga ber- ” menjadi rasul awam yang tangguh, semakin sadar diri sebagai manusia beriman kristiani dan manusia Indonesia sejati, dan pemuka umat serta masyarakat yang terampil berpastoral di tengah sesamanya.