Hoegeng mengakhiri masa jabatannya pada tanggal 2 Oktober 1971 dan digantikan oleh M. Hasan.
Hoegeng Imam Santoso meninggal dunia di Rumah Sakit Cipto Mangunkusumo (RSCM) Jakarta pada Rabu 14 Juli 2004 pukul 00.30 WIB.
Baca Juga: Diserang Penyakit Asam Urat? Ini Menu Makan Yang Direkomendasikan Ahli
Ia telah dirawat sejak 13 Mei 2004 di RS Polri Kramat Jati, Jakarta akibat mengalami stroke, penyumbatan saluran pembuluh jantung, dan pendarahan bagian lambung.
Hoegeng dimakamkan di Taman Pemakaman Umum (TPU) Giritama, Desa Tonjo, Bojong Gede, Bogor, Jawa Barat pada Rabu siang 14 Juli 2004.***